Wie der Name schon verrät, richtet sich das Freie Christliche Gymnasium nach den christlichen Wertevorstellungen. Besonderen Wert legt die Schule darauf, den Individualismus der Kinder in den Vordergrund zu stellen. Damit ist nicht nur gemeint, dass jeder Schüler auf die Art gefördert wird, die für ihn persönlich die Richtige ist. Vor allem halten alle Pädagogen die Lernenden dazu an, ihren eigenen Weg zu finden. Niemandem wird hier vorgeschrieben, welcher Weg der richtige ist und wie man diesen zu gehen hat. Denn die Zeit läuft nicht rückwärts, sie läuft vorwärts. In diesem Sinne sollen die Schüler nicht stumpf das Vorgelebte der Pädagogen nachahmen, sondern sich eigene Gedanken machen, wie sie ihr Leben formen möchten. Durch dieses Konzept wird jeder Schüler zu einem selbstbestimmten und eigenständigen Menschen herangezogen.
Das Freie Christliche Gymnasium ist außerdem eine Ganztagsschule. Dank der Zeit, die Ganztagsschulen mehr für ihre Schüler zur Verfügung haben, kann das Schulkonzept intensiv und nachhaltig gelebt werden.
Neben dem Unterricht bekommen die Schüler hier die Möglichkeit gemeinsam zu lernen, und sich verschiedenen Wahlpflichtangeboten, wie Naturwissenschaft, Chor oder Theater anzuschließen. So schult das Freie Gymnasium Düsseldorf auch die soziale Kompetenz jedes Einzelnen.